对全国农业科研机构进行定期评估是农业科研管理的一项基础性工作。通过评估，一方面可以摸清全国各级各类农业科研单位的科研实力；另一方面，通过量化的评估和动态分析，为各级政府、科技和农业主管部门合理配置农业科技资源、重点择优支持、改进科研管理提供依据，以利于优化结构、分流人才，建立新型农业科技创新体系。
　　2006年8月9日到2007年4月17日，农业部科教司全国的1077个农业科研机构进行了评估。通过对科技退伍、研究条件、科技活动、成果、人才、效益6大构成要素，22个指标的评估，评选出了全国百强院所，分院以其雄厚的实力位于百强院所之列。
　　通过此次评估活动，使各级政府、科技和农业主管部门对分院有了一个全面的了解，对于分院建立新型农业科技创新体系的发展具有总要的作用。